MTs Negeri 3 Alor adalah madrasah tsanawiyah di bawah Kementerian Agama yang menyediakan pendidikan tingkat menengah berbasis Islam. Madrasah ini berfokus pada pembinaan akhlak, peningkatan kemampuan akademik, serta pengembangan minat dan bakat siswa dalam lingkungan belajar yang disiplin dan religius.